广州南方医院消化内科建于20世纪50年代，是全军消化医学专科中心，全军消化内科研究所，“五个一科教兴医工程”重点专科，第一军医大学重点实验室，国家临床药理基地专业科室，广东省重点学科，全国重点学科。博士学位授权点，博士后项目招收点。消化研究所由临床部、实验中心、内镜中心、现代内镜介入及诊疗编辑部、资料室、B超诊疗室等组成。内镜诊疗中心分设7个检查室，可分别进行胃镜、结肠镜、小肠镜、胆胰内镜、超声内镜等检查与治疗。实验室分设生化免疫、病理、细胞培养、分子生物学、胃肠激素、微生态等实验室。内镜诊疗技术、B超引导下的介入治疗、胃肠致病微生物的研究居全国领先，达国际先进水平；幽门螺杆菌（Hp）相关疾病的研究基础处于国际前沿；结肠癌的研究、肝癌的非手术治疗、肠道微生态研究在国内处领先水平。
拥有世界最先进的胃镜、小肠镜、结肠镜、超声内镜诊疗技术及高超的病理活检技术，可早期发现胃癌和直肠癌，癌前病变病例，通过内镜下治疗，不需外科手术就可完全治愈。在国内最早引进多弹头射频治疗仪，可按个体化要求为中晚期肝癌提供序贯综合治疗。不需外科手术，在胆胰内镜下取出胆管结石。可通过置管引流、支架置入等治疗消化道狭窄性病变。九五以来，科室承担国家863课题2项；国家自然科学基金课题9项，国家骨干教师基金课题1项，军队科学基金课题11项， 广东省自然科学基金课题14项，院校重点课题6项。获国家科技进步二等奖2项，省部级科技进步二等奖7项。
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